Program Studi (Prodi) Pendidikan Agama Islam melalui surat keputusan Menteri Pendidikan dan Kebudayaan RI Nomor 89 Tahun 1995 (16 Pebruari 1995) tentang perubahan nama Fakultas Tarbiyah dan Fakultas Ushuluddin Universitas Muhammadiyah Makassar dan penetapan kendali status diakui serta pemberian status terdaftar jurusan-jurusan pada Fakultas Agama Islam Universitas Muhammadiyah Makassar. Program Studi Pendidikan Agama Islam saat ini memperoleh akreditasi Unggul berdasarkan Keputusan BAN-PT No. 2866/SK/BAN-PT/AK-ISK/S/V/2022.
