Berikut adalah daftar mata kuliah per semester Program Studi Pendidikan Agama Islam.
| No | Semester | Kode MK | Nama Mata Kuliah |
| 1 | 1 | A6202 | Pendidikan Pancasila |
| 2 | 1 | A6201 | Bahasa Indonesia |
| 3 | 1 | A6204 | Bahasa Inggris I |
| 4 | 1 | B6211 | Bahasa Arab I |
| 5 | 1 | B6208 | ISBD |
| 6 | 1 | CW6317 | Dasar-dasar Pendidikan |
| 7 | 1 | B6204 | Akidah |
| 8 | 1 | CW6218 | Ilmu Pendidikan Islam |
| 9 | 1 | CW6214 | Ilmu Jiwa Umum |
| 10 | 1 | CW6215 | Filsafat Umum |
| 11 | 1 | A6205 | Ke-Muhamadiyah-an I |
| 12 | 2 | CW6213 | Bahasa Inggris II |
| 13 | 2 | CW6212 | Bahasa Arab II |
| 14 | 2 | B6201 | Ulumul Qur’an |
| 15 | 2 | B6202 | Ulumul Hadis |
| 16 | 2 | CW6221 | Ilmu Jiwa Perkembangan |
| 17 | 2 | CW6219 | Administrasi & Supervisi Pendidikan |
| 18 | 2 | B6305 | Akhlak |
| 19 | 2 | CW6316 | Bimbingan & Penyuluhan |
| 20 | 2 | CW6201 | Fiqhi I |
| 21 | 2 | A6206 | Ke-Muhammadiyah-an II |
| 22 | 3 | CW6330 | Psikologi Pembelajaran PAI |
| 23 | 3 | CW6202 | Fiqhi II |
| 24 | 3 | CW6210 | Sejarah Pendidikan Islam |
| 25 | 3 | A6203 | Civic Education |
| 26 | 3 | CW6304 | Tafsir Tarbawi I |
| 27 | 3 | CW6306 | Hadis Tarbawi I |
| 28 | 3 | B6306 | Ilmu Falak |
| 29 | 3 | CW6436 | Ilmu Jiwa Agama |
| 30 | 3 | A6207 | Ke-Muhammadiyah-an III |
| 31 | 4 | B6207 | Kewirausahaan |
| 32 | 4 | CW6324 | Media Pengajaran |
| 33 | 4 | CW6222 | Statistik Pendidikan |
| 34 | 4 | CW6305 | Tafsir Tarbawi II |
| 35 | 4 | CW6307 | Hadist Tarbawi II |
| 36 | 4 | CW6208 | Sejarah Peradaban Islam I |
| 37 | 4 | CP6239 | Filsafat Pendidikan Islam |
| 38 | 4 | CW6223 | Analisis Kebijakan Pendidikan |
| 39 | 4 | B6203 | Metodologi Studi Islam |
| 40 | 5 | B6310 | Pengantar IT |
| 41 | 5 | CW6226 | Strategi Belajar mengajar |
| 42 | 5 | CW6331 | Tekhnik Evaluasi Pembelajaran |
| 43 | 5 | B6209 | Metode Penulisan karya Ilmiah |
| 44 | 5 | CW6209 | Sejarah Peradaban Islam II |
| 45 | 5 | CW6327 | Metode Pembelajaran PAI |
| 46 | 5 | CW6329 | Pengembangan Kurikulum PAI |
| 47 | 6 | CW6435 | Etika Profesi Keguruan |
| 48 | 6 | CW6333 | Micro Teaching |
| 49 | 6 | CW6434 | Metode Penelitian Pendidikan |
| 50 | 6 | CW6228 | Telaah Kurikulum PAI |
| 51 | 6 | CW6325 | Teknologi Pembelajaran |
| 52 | 6 | CW6211 | Aliran Pemikiran dalam Islam |
| 53 | 6 | CW6332 | Desain Pembelajaran |
| 54 | 7 | CW6203 | Masailul Fiqhiyah |
| 55 | 7 | CW6320 | Sosiologi Pendidikan |
| 56 | 7 | CW6436 | PPL |
| 57 | 8 | CW6637 | KKNT |
| 58 | 8 | CW6638 | Ujian Komprehensif |
| 59 | 8 | CW6639 | Ujian Skripsi |
