Program Studi Pendidikan Agama Islam mendapatkan status diakui menjadi Program Sarjana S1 yang dulunya adalah berdasarkan Keputusan Menteri Agama Republik Indonesia dengan Nomor 89 Tahun 1995 di bawah naungan Fakultas Agama Islam setelah perubahan nama dari Fakultas Tarbiyah dan Fakultas Ushuluddin. Program Studi Pendidikan Agama Islam awalnya beroperasi di Jalan Andi Mappaodang yang merupakan kampus II Universitas Muhammadiyah Makassar dan kemudian pada tahun 2010 berpindah ke Kampus I Jalan Sultan Alauddin No.259 Menara Iqra’ Lt. 4.
Program Studi Pendidikan Agama Islam dari tahun ke tahun mengalami perkembangan baik secara kualitas maupun kuantitas. Peningkatan Sumber Daya dalam hal ini Dosen dapat dilihat pada Tingkat Pendidikan dan Status Kepangkatan yang selalu meningkat dari tahun ke tahun. Animo pendaftar pun kian meningkat dan prodi Pendidikan Agama Islam menjadi salah satu jurusan yang paling diminati di Fakultas Agama Islam Universitas Muhammadiyah Makassar.
Prodi Pendidikan Agama Islam saat ini terletak di gedung menara Iqra Lantai 4 pada Kampus Unismuh Makassar yang terletak di Jalan Sultan Alauddin No 259 Makassar, memiliki luas tanah 70.000 m2, dari luas tanah tersebut telah ditempati bangunan seluas 14.168 m2. Terdiri dari bangunan kantor, ruang kuliah, auditorium, masjid, laboratorium. Ruang kuliah terdiri dari 3 unit dengan 46 ruang kelas. Fasilitas pendukung lainnya adalah laboratorium komputer, laboratorium MIPA, Lab mikro thecing Lab School, PUSDIKLAT dan Kebun Pertanian, Rusunawa (Asrama Mahasiswa), UBC (Unit Bussines Centre) Balai Pelatihan Mahasiswa, Student Mall, Hutan Pendidikan dan Rumah Sakit.
